當我們聞及「上師是加持的根本」時，可能還沒真的認識到這個「根本」的地位，從祖師的故事中我們大概可一窺其密義。巴麥欽哲仁波切在2012年12月時首次傳授「巴麥欽哲伏藏之四加行中的上師相應法」時，曾有相關的開示。
上師是加持的根本。簡單的說，你買一個電器回去是不會自己動的，是沒用的。要讓它起作用，就得插上電！所以，你是透過上師跟整個傳承接上線。
在印度和西藏佛教裡都有許多這樣的故事：馬爾巴譯師到印度去時，他專修喜金剛，在印度待了17年多，但從未見過喜金剛本尊。有一天，他的上師那洛巴給他灌頂時，喜金剛本尊顯現。這時那洛巴就問他，「你要向喜金剛頂禮，還是要向我頂禮」？馬爾巴心裡想，「上師我天天都見面，喜金剛好不容易今天才見到，當然先向喜金剛頂禮」，所以他就向喜金剛頂禮。
之後，那洛巴就跟他說「你錯了」。沒有上師怎麼會有這個本尊的顯現呢？這個本尊還不是他幻現出來的，只是因為今天這個吉祥的緣起才幻現出來。那洛巴說，「因為這個緣起不甚好，故於將來你的法嗣可以弘揚下去，但是你的子嗣會中斷」。因此，很多上師的預言其實並非無中生有，而是根據你現在的因，告訴你將來的果會是怎樣。
同樣的，蓮花生大士在桑耶寺灌頂的時候，顯現出本尊普巴金剛。這時他就問益西措嘉，「你要向本尊頂禮，還是向上師頂禮」？益西措嘉就比較聰明，她要向上師頂禮，因為 本尊就是上師的顯現。所以，後來由益西措嘉負責埋藏所有的伏藏法，法教廣大。
由此可見，上師就是本尊的根源。雖然我們說三寶、三根本，上師是加持的根本，本尊是成就的根本（你要成就，主要靠修持各種本尊法）；可是其實上師就是本尊的根源。
